1.首判死刑：1996年6月10日，呼格吉勒图被执行枪决。
2.二审“维持原判”，核准死刑。
1.【争议焦点】
焦点1：神秘失踪的精液
在本案的诸多证据中，警方提取了受害者体内的凶手所留精斑。但警方并没有将呼格吉勒图的精斑与受害人体内的精斑进行对比。当2005年赵志红供述了自己是“4·09”案真凶后，原本保留在公安局的凶手精斑样本又莫名丢失。
焦点2：“铁证”血样究竟何来？
一位在“4·09”女尸案案发后第一时间赶到现场的警察表示，他勘验了案发现场，现场比较简单，没有打斗痕迹，受害者身上没有伤口。因不是具体经办人，他没再过问此案。但案发后不久一天晚上，他在公安局加班，听到局长在办公室大声喊隔壁的办案民警，让他们去剪呼格吉勒图的指甲，当时就不理解，因为现场勘查没发现受害者身上哪块破了。
这位警察之后从当地媒体上看到了有关呼格吉勒图指甲的文字。经查实，该报道刊登在1996年4月20日的当地晚报上：“为了证实呼格吉勒图交代的真实性，由分局刑警队技术室对他的指缝污垢采样，进行理化检验。市公安局技术室和内蒙古公安厅进行了严格的科学的鉴定。最后证明呼格吉勒图指缝余留血样与被害人咽喉处被掐破处的血样是完全吻合的。杀人罪犯就是呼格吉勒图。”这位警察介绍，这是呼格吉勒图案不多的“铁证”之一。但他说，自己当初就在案发现场，没有发现受害者身上有伤口、或者破损的地方。
焦点3：笔供真的“供认不讳”了吗？
呼格吉勒图被抓后，当地媒体以公安机关为单一消息来源的报道中均称，呼格吉勒图其对案件“供认不讳”。
1996年的笔录显示，即使在被枪决前一个月，呼格吉勒图也坚持自己是无辜的。该笔录制作于1996年5月7日晚上9时20分，询问人为呼市检察院检察官刘某和彭某。被询问人是同年6月10日下午2时被执行枪决的呼格吉勒图。
从时间上，1996年的5月7日应当是呼格吉勒图所涉嫌的“四九”女尸案，经呼市公安局新城分局侦查完毕、移交检察院的一周后。
在这份共计7页、1500字的笔录中，呼格吉勒图数次表示：“今天我说的全是实话，最开始在公安局讲的也是实话……后来，公安局的人非要让我按照他们的话说，还不让我解手……他们说只要我说了是我杀了人，就可以让我去尿尿……他们还说那个女子其实没有死，说了就可以把我立刻放回家……”
在叙述“当晚自己的犯罪事实”时，呼格吉勒图做了如下陈述：“我当晚叫上闫峰到厕所看，是为了看看那个女子是不是已经死了……后来我知道，她其实已经死了，就赶快跑开了……她身上穿的秋衣等特征都是我没有办法之后……猜的、估计的……我没有掐过那个女人……”
笔录显示，询问人对呼格吉勒图使用了“你胡说”等语言。显然，这份笔录并未引起检察机构的重视。而在随后的法院审理中，检察官指控吉勒图就是杀人凶手。
【案件点评】
在呼格吉勒图案经内蒙古自治区高级人民法院改判无罪后，有关机关和部门迅速启动追责程序，依法依规对呼格吉勒图错案负有责任的27人进行了追责。同很多冤家错案一样，刑讯逼供仍是导致悲剧的重要原因，这也是我国法治化进程中必须重视的问题，中国要实现司法公正，这个问题必须得到彻底的解决。
同样引人注目的是，本案发生在一个特殊的期间，即“严打”期间，这是我国法制化进程中的弊端，在此期间发生了大量冤假错案，办案人员一味追求破案率，因为这往往和升迁挂钩，“严打”破坏了法律的稳定性和连续性，一个法制文明高度发达的国家是绝不会出现“严打”的，也绝不会用严打的方式来解决破案率低的问题。在任何一个法制的国家，法律的公正性也永远高于破案率，这也显示了中国的刑事法律在执法的过程中，还坚守着“打击犯罪”这一套错误的观念。
公正是法治的生命线。呼格吉勒图案之所以引发舆论关注，与“一案两凶”的悬疑有关，更与疑案持续8年得不到重审密不可分。媒体和公众所期望看到的，是案件真相的还原，是重审程序一拖再拖的因由调查。期待通过这一案件，向公众彰显法律的公道正义。
在我国当下的的司法体制环境下产生了类似呼格吉勒图案不少的冤假错案，导致悲剧一再发生，究竟是什么原因导致冤假错案，根源还是在于办案机关在收集证据的过程中采用了刑讯逼供、威胁引诱欺骗等非法手段。长此以往，我国的司法环境将会得不到改善，从而影响法律在人们心中的权威，影响我国的法治化进程。反思呼格吉勒图这起错案的形成以及依法纠正的过程和结果，对于推动法制建设的意义非常重大，甚至可以说是一个里程碑式的案例。内蒙古法院依法纠正“呼格案”，还当事人以迟到的正义，还法律以尊严，虽然过程一波三折，也离不开外界人士的不懈推动，但毕竟是法院系统在法律框架内部通过正常法律程序完成的，这与具有“人治”色彩的“平反”相比，法治是最终的赢家。
